エボリューション（合体）することによりトランスフォーマーに新たな力を与える新種のトランスフォーマー「マイクロン」。
戦いを好まない彼らは400万年前セイバートロン星を脱出。
マイクロンを乗せた船は地球へと墜落する。
400万年後、地球の少年ラッド達が彼らの不時着した宇宙船で発見したひとつのパネルからマイクロンが出現。
その復活の信号に応じ、サイバトロンとデストロンの両軍が地球に到着。
マイクロンの力を使い、宇宙を我が物にせんとするメガトロン率いるデストロン。
ラッド達と協力しマイクロンと宇宙の平和を守るために戦うコンボイ率いるサイバトロン。
地球を舞台に両軍のマイクロン争奪戦が開始される。